① 事业单位职工工资扣发应到哪个部门投诉
一般是上级主管部门，其他还有：人力资源与社会保障局、工会、政府信访办、劳动监察大队等。或者可以向仲裁委提请人事仲裁，仲裁不服可以起诉。
② 事业单位克扣职工工资怎么办
可以去当地的人社局申请劳动仲裁，或者去法院起诉。