① 事業單位職工工資扣發應到哪個部門投訴
一般是上級主管部門，其他還有：人力資源與社會保障局、工會、政府信訪辦、勞動監察大隊等。或者可以向仲裁委提請人事仲裁，仲裁不服可以起訴。
② 事業單位剋扣職工工資怎麼辦
可以去當地的人社局申請勞動仲裁，或者去法院起訴。